Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- a -

• Alignment() : cmaple::Alignment
• applySPR() : cmaple::Tree

- b -

• BIN_TREE : cmaple::Tree
• BLOSUM62 : cmaple::ModelBase
• build() : cmaple::ParamsBuilder

- c -

• changeAln() : cmaple::Tree
• changeModel() : cmaple::Tree
• computeBranchSupport() : cmaple::Tree
• computeLh() : cmaple::Tree
• CPREV : cmaple::ModelBase

- d -

• DAYHOFF : cmaple::ModelBase
• DCMUT : cmaple::ModelBase
• DEFAULT : cmaple::ModelBase
• doPlacement() : cmaple::Tree

- e -

• EXHAUSTIVE_TREE_SEARCH : cmaple::Tree
• exportNewick() : cmaple::Tree

- f -

• FAST_TREE_SEARCH : cmaple::Tree
• fixParameters() : cmaple::Model
• FLAVI : cmaple::ModelBase
• FLU : cmaple::ModelBase

- g -

• getParams() : cmaple::Model
• GTR : cmaple::ModelBase
• GTR20 : cmaple::ModelBase

- h -

• HIVB : cmaple::ModelBase
• HIVW : cmaple::ModelBase

- i -

• IN_AUTO : cmaple::Alignment
• IN_FASTA : cmaple::Alignment
• IN_MAPLE : cmaple::Alignment
• IN_PHYLIP : cmaple::Alignment
• IN_UNKNOWN : cmaple::Alignment
• infer() : cmaple::Tree
• InputType : cmaple::Alignment

- j -

• JC : cmaple::ModelBase
• JTT : cmaple::ModelBase
• JTTDCMUT : cmaple::ModelBase

- l -

• LG : cmaple::ModelBase
• load() : cmaple::Tree

- m -

• Model() : cmaple::Model
• model_name : cmaple::Model::ModelParams
• MTART : cmaple::ModelBase
• MTINV : cmaple::ModelBase
• MTMAM : cmaple::ModelBase
• MTMET : cmaple::ModelBase
• MTREV : cmaple::ModelBase
• MTVER : cmaple::ModelBase
• MTZOA : cmaple::ModelBase
• MUL_TREE : cmaple::Tree
• mut_rates : cmaple::Model::ModelParams

- n -

• NONREV : cmaple::ModelBase
• NORMAL_TREE_SEARCH : cmaple::Tree
• NQ_BIRD : cmaple::ModelBase
• NQ_INSECT : cmaple::ModelBase
• NQ_MAMMAL : cmaple::ModelBase
• NQ_PFAM : cmaple::ModelBase
• NQ_PLANT : cmaple::ModelBase
• NQ_YEAST : cmaple::ModelBase

- o -

• optimizeBranch() : cmaple::Tree

- p -

• ParamsBuilder() : cmaple::ParamsBuilder
• PMB : cmaple::ModelBase

- q -

• Q_BIRD : cmaple::ModelBase
• Q_INSECT : cmaple::ModelBase
• Q_MAMMAL : cmaple::ModelBase
• Q_PFAM : cmaple::ModelBase
• Q_PLANT : cmaple::ModelBase
• Q_YEAST : cmaple::ModelBase

- r -

• read() : cmaple::Alignment
• RTREV : cmaple::ModelBase

- s -

• SEQ_AUTO : cmaple::SeqRegion
• SEQ_DNA : cmaple::SeqRegion
• SEQ_PROTEIN : cmaple::SeqRegion
• SEQ_UNKNOWN : cmaple::SeqRegion
• SeqType : cmaple::SeqRegion
• state_freqs : cmaple::Model::ModelParams
• SubModel : cmaple::ModelBase

- t -

• Tree() : cmaple::Tree
• TreeSearchType : cmaple::Tree
• TreeType : cmaple::Tree

- u -

• UNKNOWN : cmaple::ModelBase
• UNKNOWN_TREE : cmaple::Tree
• UNKNOWN_TREE_SEARCH : cmaple::Tree
• UNREST : cmaple::ModelBase

- v -

• VT : cmaple::ModelBase

- w -

• WAG : cmaple::ModelBase
• withFixedMinBlength() : cmaple::ParamsBuilder
• withMaxBlengthFactor() : cmaple::ParamsBuilder
• withMinBlengthFactor() : cmaple::ParamsBuilder
• withMutationUpdatePeriod() : cmaple::ParamsBuilder
• withNumTreeTraversal() : cmaple::ParamsBuilder
• withRandomSeed() : cmaple::ParamsBuilder
• withSPRThresh() : cmaple::ParamsBuilder
• withStopTreeSearchThresh() : cmaple::ParamsBuilder
• withThreshProb() : cmaple::ParamsBuilder
• write() : cmaple::Alignment

- ~ -

• ~Alignment() : cmaple::Alignment
• ~Model() : cmaple::Model
• ~Tree() : cmaple::Tree